Аппарацию осваивают далеко не все. Да и в целом не все рискуют упарываться в аппарацию, как какие-нибудь близнецы Уизли. У нормальных людей есть каминная сеть. Ну и, да, мётлы распространены, я не удивлюсь, если многие маги вполне себе знакомы с местностью вокруг и далеко вокруг, потому что летают на мётлах, прикрывшись чем от магглов, просто ради удовольствия.

Что касается идентификации, то у Маганглии есть если не границы фактические, то уж точно юридические, в смысле, "здесь на коврах-самолётах летать запрещено" или "здесь вейлам и прочим нелюдям мы не рады". Что создаёт разницу же, нет? Вполне явную для магов.