По моему мнению, ему вначале нравилась Лили не в романтическом смысле и безотносительно Джеймса. Дома у него была не самая благополучная семья, и Лили стала для него в детстве частью хорошего мира, мира магии. Вот к соответствующему возрасту их отношения могли перейти на новый уровень, но Северус запорол всё своей эмоциональной глухотой, эгоизмом, и желанием не выбирать между Лили и сокурсниками.