Потому что одновременно с ограблением Гринготтса и все такое

Квиррелл не мог быть в Косом переулке?

Тут сложная и немного извращенная логика. На самом деле то, что Гарри видел Квиррела в "Дырявом котле" в день ограбления Гринготтса и не видел Снейпа, никак не говорит о том, что Снейп ни при чем, а Гринготтс пытался ограбить Квиррел.
Может, Снейп просто лучше маскировался.

Все ок, просто Гарри Поттер не оч умный мальчик.

Мне почему-то помнится, что у Гарри тогда заболел шрам (от близости к лорду). А рядом был не Снейп, а Квиррел. В дальнейшем шрам болел и Гарри всегда грешил на Снейпа, забыв, что первый такой раз был без него, но с Квиррелом.

"Для известного местечка бар был слишком темным и обшарпанным. В углу сидели несколько пожилых женщин и пили вино из маленьких стаканчиков, одна из них курила длинную трубку. Маленький человечек в цилиндре разговаривал со старым лысым барменом, похожим на нахмурившийся грецкий орех. Когда они вошли, все разговоры сразу смолкли. Очевидно, Хагрида здесь все знали — ему улыбались и махали руками, а бармен потянулся за стаканом со словами:

— Тебе как обычно, Хагрид?

— Не могу, Том, я здесь по делам Хогвартса, — ответил Хагрид и хлопнул Гарри по плечу своей здоровенной ручищей, так что у того подогнулись колени.

— Боже милостивый, — произнес бармен, пристально глядя на Гарри. — Это… Неужели это…

В «Дырявом котле» воцарилась тишина.

— Благослови мою душу, — прошептал старый бармен. — Гарри Поттер… какая честь!

Он поспешно вышел из-за стойки, подбежал к Гарри и схватил его за руку. В глазах бармена стояли слезы.

— Добро пожаловать домой, мистер Поттер. Добро пожаловать домой.

Гарри не знал, что сказать. Все смотрели на него. Старуха сосала свою трубку, не замечая, что та погасла. Хагрид сиял.

Вдруг разом заскрипели отодвигаемые стулья, и следующий момент Гарри уже обменивался рукопожатиями со всеми посетителями «Дырявого котла».

— Дорис Крокфорд, мистер Поттер. Не могу поверить, что наконец встретилась с вами.

— Большая честь, мистер Поттер, большая честь.

— Всегда хотела пожать вашу руку… Я вся дрожу.

— Я счастлив, мистер Поттер, даже не могу передать, насколько я счастлив. Меня зовут Дингл, Дедалус Дингл.

— А я вас уже видел! — воскликнул Гарри, и Дедалус Дингл так разволновался, что его цилиндр слетел с головы и упал на пол. — Вы однажды поклонились мне в магазине.

— Он помнит! — вскричал Дедалус Дингл, оглядываясь на остальных. — Вы слышали? Он меня помнит!

Гарри продолжал пожимать руки. Дорис Крокфорд подошла к нему во второй раз, а потом и в третий.

Вперед выступил бледный молодой человек, он очень нервничал, у него даже дергалось одно веко.

— Профессор Квиррелл! — представил его Хагрид. — Гарри, профессор Квиррелл — один из твоих будущих преподавателей.

— П-п-поттер! — произнес, заикаясь, профессор Квиррелл и схватил Гарри за руку. — Н-не могу п-пе-редать, насколько я п-польщен встречей с вами.

— Какой раздел магии вы преподаете, профессор Квиррелл?

— Защита от Т-т-темных искусств, — пробормотал Квиррелл с таким видом, словно ему не нравилось то, что он сказал. — Н-не то чтобы вам это было н-нужно, верно, П-п-поттер? — Профессор нервно рассмеялся. — Как я п-понимаю, вы решили п-при-обрести всё н-необходимое для школы? А мне н-нуж-на новая к-книга о вампирах.

Вид у него был такой, будто его пугала сама мысль о вампирах.

Но остальные не желали мириться с тем, что Квиррелл безраздельно завладел вниманием Гарри. Прошло еще минут десять, прежде чем зычный голос Хагрида перекрыл другие голоса.

— Пора идти… нам надо еще кучу всего купить. Пошли, Гарри."

Как видите, ничего подозрительного в этой сцене есть. Я перечитывала ее несколько раз - шрам у Гарри не болеле, когда он жал руку Квирреллу, ничего подозрительного не произошло, из-за чего Гарри должен был бы в будущем подозревать Квиррелла. Так что эта фраза в конце книги, что он должен был догадаться, по-прежнему не логична.

У Гарри своеобразная логика Избранного: весь мир крутится вокруг него. Если Гринготс ограбили в тот день, когда они забрали что-то из сейфа, значит ограбили именно тот сейф.
Следуя ей: раз он встретил в тот день в баре Квирелла, то это именно Квирелл грабитель.