Проблема Котла в том, что они изначально привлекли Мантона - гениального ученого, который вел их программу. В тот момент они нарабатывали знания. Переходить к клонам было еще рано (плюс принимать решение о возможности такого варианта должен был Мантон).
А потом он предал и свихнулся.

Котел сформировал вторую команду ученых. Эта команда вела исследования в Мэдисоне и у нее намечался какой-то прорыв (возможно как раз клоны). Но эту команду уничтожила Симург.

А потом у Котла исследования встали. О них ничего не известно до вербовки Ампутации.

А то что Доктор Мама не очень хороший руководитель.... Я это мнение озвчивал неоднократно.