"под трансформацией" - в частном случае - искажение формы вещества без изменения химического состава. В самом общем случае, как сейчас - управление движением частей предмета вплоть до уровня атомов. Собственно, даже субатомно. Разница с трансфигурацией в методе - трансфигурацией (включая истинное превращение) меняет одну сущностную матрицу на другую - временно или истинно. Трансформация просто меняет расположение макро- и микрочастей предмета друг относительно друга. Химия изменяет химический состав с помощью материальных средств. Зельеварение меняет химико-магический состав с помощью химико-магических средств. Алхимия сочетает в себе методы чар, зельеварения, трансформации (включая ту самую атомную трансформацию), химии и трансфигурации, это "нечистая" дисциплина, последовательно собирающая и ассимилирующая все способы преобразования вещества, какие только найдёт, вне зависимости от методик, будь то европейское Делание, шаманские пляски с бубном, идущее от ведьм да знахарок зельеварение, всевозможные влияющие на строение вещества чары, включая трансформацию, временные и постоянные наложения сущностной матрицы (сиречь трансфигурация, плавно перетекает), "чистую" алхимию (матрица в матрицу, так работают нечасто, поскольку сущностная матрица - штука невероятной сложности) - всё, что найдёт. Разбираться во всём этом, мягко говоря, нелегко, раздел магии просто громадный. Некоторые извращенцы доходят до того, что считают разделом алхимии даже химерологию, что, конечно же, бред, но тем не менее, формально вписывается, лол. Это всё я говорю о современной алхимии... Конечно, это один из вариантов деления. Например, Атика не отнесла бы сделанное ей к алхимии, а назвала бы созиданием на основе трансформации. С учётом, что одно частично поглощается другим - всё спорно.

"сборка из существующей атомов и молекул представлялась мне трансформацией. Поэтому я думал тут трансфигурация" - самопротиворечие. Так трансформацией или трансфигурацией?

"молекулы составляющие организм человека значительно сложнее чем то что мы можем найти из окружающего мира" - а атомы те же. В чём проблема снять сущностную матрицу с уже готового объекта и составить атомы согласно ей? Это создавать новое или менять старое магам трудно. Скопировать существующее, особенно если там единственный магический компонент (кровь) - вообще не проблема.

"Выходит необычные свойства канал к к Истоку привязаны к душе-разуму Гарри и Атика приспособила лишь тело под этот измененный канал?" - это очевидно. Канал всегда привязан к душе-разуму. Нет каналов, связанных с телом. Вернее, они могут быть, но это уже извращение.