Из-за очень малой жесткости конструкции фюзеляжа КБ столкнулось со всеми проблемами, связанными с аэроупругими явлениями и появлением нелинейностей в обычной механической системе управления. Тогда главный аэродинамик КБ И.Е. Баславский первым поставил вопрос о необходимости перехода к электродистанционной системе управления. Он убедил П.О., что иного пути нет, что с традиционной системой управления ничего не получится. Конструкторы бригады систем управления, естественно, были против. Однако П.О. быстро разобрался в существе вопроса и принял решение о разработке электродистанционной четырехкратно резервированной системы управления самолетом (ЭСДУ). В авиационной историографии до настоящего времени идет спор, кто был первым в реализации этого технического решения. На первенство претендуют фирмы «Дженерал Дайнемикс» (США) и «Дассо» (Франция). В мемуарах Главного конструктора Л. Л. Селякова упоминается о том, что ЭСДУ начали отрабатывать уже на самолете М-50 В.М. Мясищева. Но факт остается фактом — первым в мире самолетом (не самолетом-лабораторией, а опытным боевым самолетом) со штатной ЭСДУ был Т-4. Правда, на первом экземпляре (изделие 101) устанавливалась резервная механическая тросовая система управления с автоматами натяжения тросов. Очень много сделал для внедрения ЭСДУ шеф-пилот фирмы, Герой Советского Союза, заслуженный летчик-испытатель СССР генерал-майор авиации Владимир Сергеевич Ильюшин.

По-настоящему интерес к самолету Т-4 военные проявили только после войны между Израилем и рядом арабских стран в начале июня 1967 г., когда в течение шести дней израильская армия полностью вытеснила своих противников с определенных территорий. В конце июня в КБ приехал министр обороны А. А. Гречко. Встреча состоялась в макетном зале у макета Т-4. От нас присутствовали только П. Сухой и я. Докладывал сам Павел Осипович. Подводя итоги, А. Гречко сказал, что этот самолет очень нужен нашим вооруженным силам, и просил начать летные испытания не позднее 1970 г. Сухой дал такое обещание, однако выполнить его не смог — самолет поднялся в воздух только в 1972 г. Это было связано с тем, что КБ и производство не располагало необходимыми мощностями для выпуска чертежей и постройки самолета. …Наземные испытания самолета, включавшие отработку двигателей и систем, рулежки проводились в июне — июле 1972 г. Наступило время первого вылета самолета Т-4 (изделие 101), который назначили на начало августа. Однако он состоялся лишь 22 августа 1972 г.
...
Мне неизвестны истинные причины прекращения работ по самолету Т-4, Сухой мне ничего не говорил. Поэтому осмелюсь предложить свою версию происшедшего. Поскольку Тушинский машиностроительный завод не мог обеспечить постройку установочной партии самолетов для проведения летных испытаний (а это 10–12 экземпляров), было подготовлено Постановление ЦК КПСС и Совмина о запуске Т-4 в производство на Казанском авиационном заводе, где в то время серийно выпускались самолеты Ту-22. А.Н. Туполев быстро понял, что он рискует потерять серийный завод, и вышел с предложением о создании модификации самолета Ту-22 с крылом изменяемой геометрии Ту-22М в очень короткие сроки — 2–3 года. В итоге Постановление Правительства о постройке Т-4 на Казанском авиазаводе не прошло. Вопрос был решен в пользу самолета Ту-22М.