Maiolika
Для конечного пользователя её и нету. И там и там xml.
Только епаб - xml завёрнутый в зип, все графические файлы внутри зипа. fb2 - просто хмл, но все читалки умеют понимать его завёрнутый в тот же zip. Картинки, правда, закодированы во что-то типа base64, что на размере файла сказывается так себе.