На Як-45И предполагалось установить прицельно-навигационный комплекс из БРЛС "Жемчуг", сопряжённый с теплопеленгатором и оптико-телевизионным визиром. Комплекс обеспечивал полуавтоматическое управление самолётом в бою, на маршруте и посадке, а также индикацию пилотажных параметров на приборах ПКП-72, ПНП-72 и на индикаторе на лобовом стекле. БРЛС "Жемчуг" обеспечивала обнаружение и захват цели, выдавала целеуказание теплопеленгатору, оптико-электронному визиру и ГСН ракет. Лётчик также располагал вторым каналом целеуказания системы вооружения от нашлемного визира.

Информационный полукомпас, входящий в состав системы директорного управления, вычислял автономную траекторию посадки и обеспечивал полуавтоматический полёт на малой высоте (до 200 м) над местностью с уклоном рельефа до 10-15 градусов.
...
Связное оборудование обеспечивало бесподстроечную связь на УКВ-ДЦВ-диапазонах (радиостанция "Журавль-10") и выдачу ответа в системе опознавания госпринадлежности (ответчик "Озон").

Комплекс обороны сигнализировал лётчику об облучении наземными и бортовыми РЛС с выдачей пеленга (станция "Береза-Л") и защищал самолёт созданием ответно-уводящих активных и пассивных радиопомех (станция активного радиопротиводействия "Герань-УФК" в контейнерном исполнении), а также ИК-помех (средства выброса дипольных и ИК-помех устанавливали в счёт боевой нагрузки).

Встроенная система контроля электронной аппаратуры обеспечивала автоматизированный контроль самолётных систем и регистрацию аварийных параметров (самописец "Тестер-И"). Общая масса оборудования составляла 1460 кг.