Навигационный комплекс
БЦВМ "Орбита-10"
В составе комплекса НК-45: трёхканальная система гироскопических курсовертикалей «Румб-1А», ЦВМ «Орбита-10ТС-45», блоки коммутации комплекса БКК-45, блоки и пульты управления и коммутации, автоматический картографический планшет ПА-3, а также сопряжённые системы: радиосистема навигации РСБН-ПКВ, вычислитель В-144, измеритель ДИСС-7, станции А-711, А-713, А-312, аппаратура посадки «Ось-1», радиовысотомеры РВ-5 и РВ-18, радиокомпасы АРК-У2 и АРК-15. При отказе системы "Румб-1А" используется резервная навигационная система МИС-45, блоки коммутации БКК-45 резервируются аппаратурой связи АС-45. В случае полного отказа навигационного комплекса для возвращения на аэродром применяется курсовая система "Гребень".
Навигационный комплекс позволяет выполнять автоматический запрограммированный полёт по одному из двух заложенных ("прошитых" в памяти БЦВМ на земле) маршрутов, начиная с высоты 400 м.

Автоматическая бортовая система управления
Рамы с вычислителями АБСУ-145М в отсеке самолёта
состоит из САУ-145М, ДУИ-2М, "Борт-45".
АБСУ значительно упрощает пилотирование, корректируя расход колонки и балансировочное положение в зависимости от режима полёта, а также автоматически парируя все несанкционированные эволюции самолёта, вызванные нестабильностью воздушных масс. При выполнении координированных разворотов автоматически компенсируется потеря высоты, при выпуске закрылков автоматически компенсируется пикирующий момент, при изменениях продольной перегрузки плавно ограничивается расход колонки и передаточные числа на рули. Также возможно управление самолётом не только перемещением колонки, штурвала и педалей, но и от строевой ручки на пульте управления ПУ-35, которая весь полёт синхронно перемещается по пульту, отслеживая угловые положения самолёта в пространстве (что необходимо для безударного перехода управления «со штурвала» на «автомат» и обратно при эволюциях самолёта). В автоматических режимах возможен полёт с автоматической стабилизацией угловых положений, скорости, высоты, курса, курсового угла; программное управление на маршруте, автоматический выход на цель или в точку пуска ракет; автоматическое возвращение на аэродром, автоматический или директорный заход и снижение по глиссаде до высоты 40 метров; автоматический полёт на сближение до визуального контакта с любым самолётом, оборудованным радионавигационными ответчиками; при потере лётчиком ориентировки в пространстве автоматическое выведение самолёта в установившейся горизонтальный полёт с последующей стабилизацией барометрической высоты - из любого углового и пространственного положения, с превышением эксплуатационных перегрузок до 5g, если сохранена управляемость машиной.
На Ту-22М2 и ранних сериях Ту-22М3 устанавливались блоки автоматического низковысотного полёта, позволявшие выполнять такого рода полёты над морем или равнинной местностью. В целом система НВП оказалась неудачной и была отключена, а на последующих сериях Ту-22М3 не устанавливалась.
Чисто ручное управление на самолёте не предусмотрено, а выключать питание АБСУ в полёте категорически запрещено.