1. Светлана умерла при родах.
2. Стоун не обладает полноценной душой, и в следствии этого не представляет никакого интереса для Тьмы. Конечно, пребыание в Хаосе это исправило, но теперь Стоун никому служить уже не будет из принципа.
3. Кощею нужен был преемник на месте Хранителя Тьмы, которым он и хотел видеть Стоуна. С ним, как известно не прокатило - Тьму он не устроил. Пришлось брать на себя обучение Алисы. Не передав "дела" Кощей не мог покинуть наш мир. После войны с эльфами и завершением обучения Алисы, Кощей через свой собственный портал ушел в параллельную реальность, на поиски новых приключений и еще большей силы. Надо же как-то коротать вечность бессмертному.

а почему у Стоуна была не целая душа?

Дочь Дьявола
потому что его душу сожрал дементор. Кощей взял её остатки и сцепился с частичкой своей собственной души - и запихнул обратно в Стоуна в надежде, что на "вырастет" до полноценной. Но не сложилось, и Стоун остался этаким огрызком. Правда все пустоты ныне заполнила сущность дементора и Хаос, так что Стоун стал обладателем полноценной души, но не человеческой.