В принципе, это несложно: изначально они были реальными, но потом в определенный момент их закольцевало и исходная история начала делиться - например, в некоторый момент исходной истории Сакура умирает раньше, а Наруто позже - и в этот момент время Сакуры рассинхронизировалось с временем Наруто, ее петля стартовала раньше, чем его. И, соответственно, они начали крутиться почти независимо, попадая друг к другу в петли только тогда, когда по какой-то случайности петли снова синхронизируются.