Вот как то все мимо прошли - а мне этот момент более чем понятен.
Вынося за скобки крестстраж и его пагубное вляние на психику я думаю важен еще один момент.

Гарри 11 лет насильно заставляли извиняться за то что он урод.
И продолжаю это делать каждое лето.
Я думаю что диалоги
- А теперь, мелкий гаденыш извинись...
повторялись не раз и не два.

А Снейп, сам не зная, занял к по отношению к Гарри позицию, схожую с позицией Дурслей.
И вот с омутом, тот случай когда извиниться нужно, но извинения застреваю в горле.
Потому что ему далеко не понятно - что если он перед Снейпом извинится, то тот его выслушает и хотя бы промолчит. Для Гарри более очевидная и привычна ситуация когда эти извинения превратится в унижение и издевательство. Это же мы знаем что Снейп - Бетмэн, а для Гарри он Дурсль от магмира, но этому Дурслю, в отличии от домашних можно противостоять.