Гарри не мог после Азкабана предположить, что Квиррелл - Волдеморт, потому что Гарри в то время считал, что Волдеморт - идиот, который ставит своим приспешникам на руки видимые метки.
Ну и да, он считал профессора Квиррелла родственной душой, и ему очень не хотелось искать в нём что-то плохое.