Ну, касательно извлечения души и создания тела, это вопрос чисто технический и вполне решаемый на мой взгляд.
По поводу только что умершего мужа, неизвестно как шло время для её души внутри меча: может, действительно прошёл один миг, может те же 15-16 лет, а может и целая вечность. А Эдвард - самый близкий для неё из живых (за исключением самого Гарри), верный друг, при этом боевой товарищ её сына, давший ему возможность продолжить их дело и вырасти в величайшего мага. Ни время, ни инвалидность не изменили его убеждения, во имя которых, кстати, и умер муж Лили, и принесла себя в жертву она сама.
Я думю, ничего аморального или нелогичного в этом не было бы. Тем более это отлично вписывается в подсказки Шин-Сана.