"Мне вот интересно, будет ли потом понятно, с чего Снейп решил, что их близкие отношения ставят Поттера под удар. Лорд же ему ничего не сказал. Как продолжение исполнения приказа "привязать к себе мальчишку как можно сильнее" может навредить Гарри? Ведь он и так в опасности, Лорд в любом случае собирается его уничтожить.

Вижу в этом авторскую нелогичность".

Durre, не обижайтесь, но мы видим в таких вопросах проявление невнимания.
Мотивы Снейпа уже понятны из предыдущих глав.
Он показал Лорду, что мальчишка его возненавидел, а значит о выполнении приказа речи нет.
Однако восстав из ада, Северус не смог найти другого объяснения тому, что его оставили в живых, как некими надеждами Лорда все же добраться через него до Гарри, в случае, если у Поттера осталась хотя бы тень чувств к Снейпу. Заметь шпионы Волдеморта хоть намек на то, что связь снарри все-таки существует, Лорд потребует довести дело до конца.
Цель же Северуса заключается в том, чтобы дать понять Волдику окончательно и бесповоротно - Гарри его ненавидит и нет никакого смысла пытаться играть на несуществующих чувствах.