Напомню что в каноне Хогвардс упоминается как ЛУЧШАЯ школа Британии а не ЕДИНСТВЕННАЯ.
Плюс домашнее образование...

То что в хогвардс вместе с Гарри поступило около 40 человек имеет два объяснения:
1. это дети времен войны с Волдемортом. Т.е. рождаемость в этот период могла быть снижена.
2. Это норма для Хогвардса, особенно с учетом числа учителей.
Если вы вспомните расписание, то МакГи (трансфигурация есть на всех курсах) должна чуть ли не Времяворотом пользоваться чтобы успеть даже при спаренных уроках. А вести практику при наличии более 20 учеников - нереально.
Т.е. 40 человек это "сливки" набранные в Хогвардс (он при таком числе преподов больше не потянет), остальные учатся где то еще.