В отличие от маглов, против магов и без того ведётся война на практически полное уничтожение, потому террор будет менее действенным. К тому же, напомним, маги - средневековые люди, имеют соответствующее мышление, в отличие от современных, и тех магов, кто намерен сражаться, намного сложнее запугать. Спрятать семьи магов проще, чем семьи маглов из-за относительной малочисленности, растворив их среди обычного населения. Не выдумываем роялей в кустах, берём канон - Гермиона чистит память родителям и отправляет их как можно дальше. Канон не запрещает бойцам почистить память и самим себе, оповестив об этом противника. Кем тогда шантажировать?

>Но вообще магический народ очень пассивен, и скорее побегут сдаваться и прятаться, нежели воевать
Верно, посему магическое население сильно поуменьшится, но останутся бойцы, которым уже нечего будет терять.

>можно заполучить сколь угодно много простых солдат и сержантов для допросов
Планы ударов узнавать необязательно, "концентрированных магических объектов создавать никто не будет", поэтому угрозы применения ядерного оружия не будет - не по чему. Если чистокровные не дураки, то сделают выводы и особняки опустеют в момент, их потом и отстроить можно. К тому же есть канонные палатки со всеми удобствами, а даже если бы и не было, на войне не до роскоши. И ядерное оружие не то, что можно просто так использовать налево и направо. Надеяться, что маги этого не знают, не стоит. Подчинять и допрашивать будут всех, до кого дотянутся, и картинка, кто что может, быстро нарисуется.

Про адское пламя. Даже у вас его применил полуживой маг перед смертью. Кто запретит умирающему, у которого не осталось родственников, уйти красиво? Угрозы такому - пустая трата сил.

>Естественно, шпионов среди магов у военных хватит
Поначалу да. Затем канонный Нерушимый Обет полной верности - и в магической террор-группе полное спокойствие насчёт предателей.

Насчёт перебежчиков. Они способны решить исход войны - чары обнаружения магов, тестирование и снятие империусов противника со своих офицеров и т.п. и именно по этой причине будут подвергаться повышенному риску. А повышенные меры безопасности, как и любая защита, будут сковывать их действия. Да и много ли их? Пусть даже они обеспечат защиту всех высших или даже средних чинов и важных объектов, но воюют не высшие чины, а нижние чины и солдаты.
Если же, вопреки всему, перебежчиков много, то это уже не война маглов и магов, это война магов при магловской поддержке одной стороны (хотя и вторая способна учиться, получая знания от подчинённых маглов) и это уже совсем другая тема.