Насчет открытого столкновения магов и маглов согласен.
А как насчёт такой террористической тактики - маг исподтишка накладывает на солдата или даже какого-нить сержанта-лейтенанта (до кого можно дотянуться, не проникая в охраняемые помещения) накладывает империус или ложную память и сей магл, пользуясь своими военными знаниями идет косить своих же. Это самое тупое.
Можно и потоньше - подчиненный магл хитростью или силой приводит своему повелителю наиболее выгодных с его точки зрения людей, заодно, консультируя его и разрабатывая наивыгоднейшую тактику. Несколько подчинённых офицеров - и у мага есть и информация и план по противодействию. Пока не глобальный, но лиха беда начало.
В интернете или даже по телевидению (подчиненные маглы скажут, как лучше донести информацию до масс и помогут) начнут появляться видеозаписи либо пытаемых круциатусом или хоть даже инсендио родственников военных, либо тех же родственников, убивающих друг друга под империусом (маги застряли в средневековье, а значит, моральных тормозов заметно меньше). Какие-то военные впадут в истерику, а какие-то задумаются, не пора ли завязывать с общим уничтожением. Солдаты вполне могут начать дезертировать.
В общем, с трудом могу представить, что можно противопоставить такому террору. Куда наносить ядерный или авиационный удар, учитывая, что основные объекты уже уничтожены. Не Лондон же бомбить. А учитывая, что в отличие от террора Волдеморта, сейчас есть причина, понятная всем и каждому (не стоило Хогвартс бомбить и на Косую аллею нападать), то у этого террора последователей будет заметно больше. Даже если в итоге магов сметут, то потери будут такие, что стоит задуматься, надо ли оно.