К тому же по поводу терминов и отделения Физики от химии вы утрировали описание квантовой физики. Там помимо квантовой функции состояния( то есть волновой функции для чистых состояний) есть и более абстрактное определение как матрица плотности. также имеются и вычисляются сечения рассеяния, что как раз-таки и позволяет определить исход той или иной ядерной реакции, то есть по какому из возможных каналов реакции получится результат при тех или иных начальных условиях и условиях проведения эксперимента. Так же я уже молчу о лагранжианах взаимодействия и функциональных интегралах,дающих полное описание всех возможных вероятностных исходов того или иного взаимодействия. Согласен с Вами, математика крайне тесно интегрирована в современную Физику и иногда как раз-таки нельзя провести границу между ней и Физикой( в таких разделах как мат. физика, ОТО, гидродинамика), но всё же между ними даже можно провести границу уже не говоря про границу между Физикой и химией.
А про определение функции состояния в квантовом предсталении для сложных структур( молекулы ДНК, бензола, иных сложных соединений например), то конечно это нелегко и в некоторых случаях приходится прибегнуть к помощи суперкомпьютеров, но есть и замечательные разработанные методы их вычисления, например метод Хартри-Фока( так называемый метод самосогласованного поля) и ещё несколько других. Так что в принципе если качественно подойти к проблеме она не будет такой уж и неразрешимой))
А вообще присутствует в современной науке так называемая диффузия научных методов, что является продуктивным, и без чего в некоторых случаях не обойтись, но это не значит что отдельные науки теряют свою самоидентификация и границы своей сферы применения.