Wicked Pumpkin
Что вы, это лучшая похвала автору. Тем более если есть что прочувствовать и о чём подискутировать!

Если же задумываться над ответами на ваши вопросы (надеюсь, они не слишком риторические и это в принципе уместно), то вот что я могу предположить:

По сериалу я бы так не сказала. Они, конечно, не клубок змей, но если себе представить группу советских учёных-интеллигентов, они в принципе не могли бы вести себя как клубок змей. Но при этом особо близких отношений в коллективе не наблюдается, и Инженер даже позволяет себе не очень корректные замечания в адрес своих коллег (по третьему сезону кажется, что даже не всегда заслуженно). И то, как Инженер начинает поступать по отношению к ним в третьем сезоне... возможно, является следствием этой неявной, но всё-таки прохлады в коллективе.

Кмк, до событий сериала его жизнь была более скучной и однообразной; у него не было опыта столкновения с преступными группировками (хоть он и знал об их существовании); в какой-то степени из-за и ради Особы он в это всё влез и, видимо, (не помню точно канон) преобразился. Я же правильно помню, что к концу второго сезона он стал гораздо смелее?

Самое простое предположение - из детства. Если он был единственным ребёнком в семье, где оба родителя работали, а бабушки-дедушки были далеко, и из школы он сразу шёл домой, потому что гулять без присмотра ему не разрешали - то вот. Или, может, ему в подростковом уже возрасте приглянулась девочка, но резко отказала, и от обиды у него возник в голове компенсирующий образ.

Но если Особа не является полноценной несущей конструкцией его подсознания, то, может, он и сможет от неё освободиться, и обрести своё личное счастье с Кашиной (=