Почему-то мне кажется, что Снейп уже догадывается/догадался... Это его удивлённое "как?" на слова Тома о полётах, после изумления от пойманных двух чашек и замечания о ловце.

Вообще была мысль, что ещё за конспирация в духе "супермен надел очки, и теперь его никто не узнаёт"? Джонатан всего лишь очки снял, и изменились цвет глаз и волос. Но черты лица-то прежние.

Вопрос, скорее, как это Северус не узнал его сразу? Он же наизусть помнит лицо Джеймса Поттера, и сильнейшее сходство с ним всегда видел в Гарри.