Инквизиция не в счет, где-то писалось что многим магам нравилось, как их сжигают на кострах, и они многократно сдавались инквизиторам, то есть фактически в средние века жгли только магглов. Детская смертность тоже, если уж волшебники с легкостью рак лечат, да и вообще все неволшебные болезни, детская смертность вряд ли слишком высока, скорее Волди с Гриндевальдом в свое время пошалили, ну или еще кто из предшественников. Да, в первой книге Хагрид говорил, что Хогвартс - лучшая магическая школа в Британии, что значит, не единственная, то есть населения может оказаться и сильно больше трех тысяч...