"А в тексте точно указано, что там была темнота? Может быть, фонари где-нибудь неподалеку имелись."

Точно:

"Над их головами, где-то в кроне тиса, пряталась ночная птица и оглашала долину довольно противным стрекотом. На темном бархате неба проступали первые звезды, и атмосфера казалась настолько фантасмагорической, что Том не удивился бы, если бы ангел шагнул к ним прямо с постамента, чтобы рассказать свою историю... Кладбище не спешило заканчиваться. По всему выходило, что мертвых в этих краях куда больше, чем живых; деревушка погрузилась в полный мрак, и лишь в отдельных домиках слабый электрический свет пробивался сквозь плотные занавески."

Т.е. вначале это были сумерки, которые за то время, что Йоли и Том бродили по кладбищу, сменила ночь. Поскольку дело происходит в августе, можно думать, что дело было около 9 часов вечера. Плюс аппарировавшие прямо из беспорядков после турника Рон и Гермиона, и УпСы начали свою акцию устрашения как раз после наступления темноты.

Что же касается фонарей, то, судя по описанию кладбища, они там отсутствовали как класс, иначе Йоли не было бы так страшно. А палочки впервые достали только тогда, когда перед ними появились Рон и Гермиона, скорее, от неожиданности. Так что никаким "Люмосом" не светили (надпись на надгробии, вероятно, еще можно можно было прочитать вблизи, пока окончательно не стемнело). Опять же, группа исследователей беспокоилась о том, чтобы не привлекать к себе внимания местных жителей, и потому в дальнейшем, после встречи с Роном и Гермионой, вряд ли зажигала "Люмосы" - это значило бы демаскировать себя.
С другой стороны, надо было осмотреть как-то дом. А для этого пришлось бы зажигать свет. Хотя и тут можно было исхитриться. Например, могут быть чары светомаскировки, которыми могла владеть Йоли. Или же окна могут быть заколочены, закрыты ставнями (раз хозяев давно нет, и дом стоит заброшенный).

Добавлено 11.03.2018 - 19:39:
"Со стороны именно они втроем кажутся лучшими друзьями. Тем более, думаю, Дамблдор уже знает о благоразумии Филлис, и что она не будет шататься ночью около особняки Риддлов, зато это вполне в духе гриффиндорского трио. Хотя вариантов много, и Филлис на месте Гермионы тоже можно предположить спокойно."

Особенно если учесть, что Гермиона, уже успевшая побывать в некоторых сомнительных местах, представлялась именно как Филлис.