Юлька шпулька, здравствуйте!
Если помните по тексту, именно первый раз со Снейпом в роли девочки по вызову, Гермиону не сильно впечатлил секс - именно тогда она и думала о научной статье, чем выдала себя с головой - он невольно подслушал её мысли. И уж Снейп постарался после этого навести справки. Вероятно, именно после первого секса и такого интересного узнавания он и установил свои правила игры. Так что да, он знал, что спит с Гермионой. И совесть его не мучила - она тоже прекрасно знала, с кем спит.

Спасибо за ваш отзыв!