Так потому что гены никуда не деваются. Хотя магический ген - он, видимо, доминантный, но при определенных условиях в потомстве проявляются рецессивные гены. Как они проявлялись в менделевских схемах.
это было бы проще увидеть, если бы люди размножались более интенсивно, как мухи-дрозофилы )) а если в норме у человеческой пары по одному или по два ребенка, то там наглядно схема может и не проявиться (но закономерности наследования признаков никуда не деваются).
кстати, в каноне есть пример - Локхарт. Его мать была волшебницей, и вероятно, полукровкой или магглорожденной. Вышла замуж за маггла - сын волшебник, и две дочери - магглы (инфа с Поттермор).