Я дак вообще не понимаю, зачем главе фонда числиться сотрудником министерства. Пусть министерство (в лице профильного отдела) войдет в попечительский совет, пусть в уставе напишут, что фонд действует под эгидой министерства. Что еще-то надо? А дальше президентом можно хоть кого нанимать.